私はこれが嫌なのでマルチコアアプリケーションの使用するコアの数を制限して解析中も他のプロジェクトが解析できるようにした。
YAFUの記入例（2コアで動作）
BOINCのデータ保存フォルダ内のプロジェクトの解析アプリケーションが入っているフォルダに「app_confg.xml」を作成し以下の内容のテキストを記述する。projects\yafu.myfirewall.org_yafu\app_confg.xml
<app_config>
<app_version>
<app_name>yafu</app_name>
<plan_class>mt</plan_class>
<avg_ncpus>2.000000</avg_ncpus>
<cmdline>--nthreads 2</cmdline>
</app_version>
<app_version>
<app_name>yafu-low</app_name>
<plan_class>mt</plan_class>
<avg_ncpus>2.000000</avg_ncpus>
<cmdline>--nthreads 2</cmdline>
</app_version>
</app_config>
<app_version></app_version>内の<app_name></app_name>の名前は「client_state.xml」に書かれている対応したプロジェクトの物を入力する。
Cosmology@Homeの記入例（2コアで動作）
<app_config>
<app_version>
<app_name>camb_boinc2docker</app_name>
<plan_class>vbox64_mt</plan_class>
<avg_ncpus>2.000000</avg_ncpus>
</app_version>
</app_config>
BURPの記入例（2コアで動作）
<app_config>
<app_version>
<app_name>blender</app_name>
<plan_class>mt</plan_class>
<avg_ncpus>2.000000</avg_ncpus>
<cmdline>--nthreads 2</cmdline>
</app_version>
</app_config>
参考
http://lhcathome2.cern.ch/vLHCathome/forum_thread.php?id=1463
http://boinc.berkeley.edu/wiki/Client_configuration#Application_configuration
